Gobierno Regional y su Consejo. Región de Aysén
Financiamiento basal del centro para su operación, encargado de monitorear el cumplimiento de los objetivos, velar por el adecuado uso de los recursos públicos involucrados y participar en la definición de prioridades de investigación y vinculación científica.
Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo
Financiamiento a través del concurso de fortalecimiento al desarrollo científico de centros regionales y de otras iniciativas. Esta institución, vela por el fiel cumplimiento de los compromisos y objetivos comprometidos por el CIEP. El apoyo de ANID desde la creación del centro, ha permitido consolidar su liderazgo en la investigación científica de excelencia en la Patagonia.