Directorio: El directorio tiene por función, determinar lineamientos de acción para el cumplimiento de los fines de la Corporación. El directorio está compuesto por nueve directores, de los cuales tres son designados por el Gobierno Regional de Aysén, uno por ANID y cinco elegidos por la Asamblea de Socios.
Dirección Ejecutiva: La dirección ejecutiva tiene como funciones representar a la institución frente a la comunidad regional, nacional e internacional y, las diversas instituciones públicas y privadas con las cuales genera vínculos para el cumplimiento de sus objetivos. Es el nexo entre el Directorio y el CIEP, liderando al equipo de funcionarios(as) para el desarrollo del Plan Estratégico de la institución y velando por el cumplimiento de los compromisos establecidos tanto con la Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID), como también el Gobierno Regional de Aysén.
Asesoría Jurídica: Área encargada de velar por que el desarrollo de los procesos y actividades del CIEP se realice en el marco normativo vigente.
Subdirección Administrativa: Lidera las áreas de recursos; financieros, humanos y materiales, con el objetivo de prestar los insumos y procesos necesarios para el soporte de la institución. Da cumplimiento a la misión del CIEP, proponiendo las políticas, normas, sistemas y procedimientos necesarios para salvaguardar los bienes institucionales, verificar los datos contenidos en el registro de las operaciones presupuestales y contables, desarrollar la eficiencia del control de gestión, así como supervisar la correcta administración de los recursos financieros, humanos y materiales de la entidad, atendiendo con oportunidad, eficiencia y eficacia, los requerimientos de las diversas áreas, vigilando la debida observancia de las leyes, normas y reglamentos aplicables en el ámbito público y privado de su competencia, y contribuyendo en todo momento al logro de los objetivos institucionales.
Unidad de Finanzas: área encargada de la gestión eficaz y eficiente de los recursos financieros, controlar la ejecución del presupuesto, elaborar informes y reportes financieros y contables, realizar análisis de cuentas, conciliaciones bancarias, balances, gestión de garantías, pago remuneraciones y proveedores, como así también la rendición de proyectos y fondos de distinto financiamiento. Tiene a su cargo las subunidades de rendición de proyectos, gestión de compra y tesorería.
Unidad de Personal: encargada de organizar y coordinar los procesos y/o procedimientos de selección e incorporación de personal; evaluación del desempeño, remuneraciones y beneficios. Ser órgano facilitador de acciones que promuevan un grato ambiente laboral y que al mismo tiempo facilite la ejecución de los procesos de apoyo al servicio de la misión del Centro de Investigación. Debe además procesar de forma adecuada y oportuna la información del personal.
Logística: área a cargo de velar por los aspectos logísticos ligados al funcionamiento de la institución. Responsable de la mantención general del edificio, vehículos y embarcaciones; reparaciones, supervisión de trabajos, repartición de correspondencia, apoyo en actividades de terreno de los distintos equipos, entre otras funciones.
Unidad de informática: Mantención general de equipos informáticos y del sistema de redes y comunicaciones CIEP que le dan soporte.
Subdirección de vinculación y transferencia: Unidad dependiente de la Dirección Ejecutiva del Centro de Investigación en Ecosistemas de la Patagonia, CIEP. Tiene como objetivo crear una dinámica de comunicación eficaz y permanente con la comunidad local, regional y nacional. Generando un vínculo del quehacer científico del CIEP con sus diversos públicos de interés, a través de distintas actividades, que aportan al conocimiento del patrimonio ambiental, cultural, y el funcionamiento de los ecosistemas de la Patagonia.
Subdirección Científica: El director científico lidera internamente la labor científica, estableciendo orientaciones y coordinación entre las diversas áreas de estudio e investigadores e investigadoras.
Investigadores(as): Profesionales con grado de doctor y/o magister de dedicación exclusiva a procesos de generación de conocimiento mediante método científico junto a equipos de trabajo multidisciplinarios. Son responsables de la productividad del centro través de publicaciones, proyectos de investigación, y otras actividades en el marco de los misión, visión y objetivos del Centro y los intereses regionales.
Personal de apoyo: Profesionales y técnicos de distintas áreas disciplinarias y expertises que tienen como función apoyar los procesos administrativos y de investigación liderados por el centro.